基因突变导致的小儿癫痫几乎不可能根治，但通过治疗能够缓解病情,需要终生维持。基因突变属于癫痫发作的一种病因，经过染色体检查或基因检查，发现某些基因的缺失或多余，导致儿童整体发育异常出现癫痫。
基因突变癫痫的严重程度通常根据癫痫的发作频率、持续时间、药物控制情况等进行判断，如果基因发作的频率比较低，对日常生活影响较小，则病情相对较轻，如果易随时随地发作则情况比较严重。癫痫每次发作持续的时间比较短，出现癫痫时对肢体的损伤较小，相对而言并不是特别严重。
基因突变癫痫通常会采取综合治疗手段，如药物治疗、手术治疗，也可能配合生物治疗等。若程度较轻，应用抗癫痫药物可以有效降低发作频率，如果药物无法控制则可能需要手术治疗。癫痫是染色体发育的异常或基因的突变导致，所以往往具有药物难治性，可能需要配合手术如核团毁损术或异常脑叶的切除术，辅以药物治疗即可有效控制发作。此类患儿可能会出现全脑功能减退，智能、运动、言语等的减退，因此再配合康复手段有利于患儿的康复。治疗过程中必须要按时规律用药，随着患儿年龄增长必须要给予药物剂量的调整，也要严格防止盲目停药、换药引发癫痫持续状态。
基因突变癫痫极难治愈，但配合治疗能够有效控制病情，在治疗同时必须保证患儿养成良好的生活规律及饮食习惯，避免进食刺激性食物，避免睡眠不足、过度疲劳、情绪激动，更要尽量戒烟戒酒;电脑屏幕的闪光刺激可以诱发癫痫发作，因此需要尽量避免患儿接触电脑及游戏机。
