卵巢囊肿中的囊肿仅仅是个形态学描述而已，还不是诊断。囊肿可有生理性、病理性，有良性、恶性，有的要手术，有的不手术，有的会复发，有的不容易复发。对于不同类型的卵巢囊肿，有不同的治疗方法，患者们都应该了解自己患有哪种卵巢囊肿，然后再做出正确、有针对性的治疗。
如果发现肿块大小小于125px，疑为卵巢瘤样病变的非肿瘤性卵巢囊肿，可以先不做处理，观察一段时间。如果偶然B超发现卵巢囊肿，先不必紧张，如无任何症状，且B超提示为纯囊性，里面透声好，建议马上换个地方复查，更重要的是一个月后在月经干净的时候复查。复查可以最大限度避免生理性囊肿被无辜手术。
如果反复B超都提示那个部位有囊肿，则肿瘤的可能性非常大，此时可查肿瘤标记物，良性肿瘤标记物通常为阴性，良性肿瘤考虑手术，手术方式也首选腹腔镜，这类手术可减少住院时间、减少疼痛，且术后恢复快。
如果囊肿较大，且为良性肿瘤，可根据患者的年龄、对生育能力的要求经行选择手术治疗。对于年轻、单侧卵巢良性囊肿患者，应行卵巢囊肿剥离术，尽可能的保留正常的卵巢组织和对侧的正常卵巢组织。如果两侧卵巢均有囊肿，也要行卵巢囊肿剥离术以尽可能保留正常卵巢组织。绝经期妇女建议行单侧附件切除术或子宫及双附件切除术。手术中可解剖肿瘤明确区分良恶性，如不确定良恶性，可做病理切片确定肿瘤性质，用以明确手术范围。如果是大的肿瘤尤其高度怀疑恶性肿瘤者，应尽可能小心完整取出，防止肿瘤破裂囊内液体流出让肿瘤细胞播散种植。
如果B超提示囊肿为混合性，囊实性，先查肿瘤标志物，同时还要复查。B超复查非常重要，因为卵泡破裂，里面形成血凝块，也是囊实性(混合性)，复查是为了确定肿瘤的来源。排除卵泡破裂的可能性，则要查肿瘤标记物，如果肿瘤标志物升高，则要警惕有恶性肿瘤的可能了。但还不能确诊为恶性肿瘤，因为炎症、子宫内膜异位症、子宫腺肌症，肿瘤标志物也可能升高。如果肿瘤标志物暴高，那卵巢癌的可能性就大了，需要开腹探查了。
由上可知，卵巢囊肿的治疗方法很多，对于不同的情况不同的人，治疗方法也有所差异，所以广大女性朋友了解了卵巢囊肿的治疗方法后，才会对自己的疾病的治疗方案作出正确的选择。但是治疗是在疾病发生的基础上进行的，预防发生才是关键。因卵巢囊肿的早期症状不明显，容易让人忽视，所以定期做妇科体检才是从根本上防止卵巢囊肿发生的最好办法。