卵巢囊肿比较小是可以吃药消掉的。但如果是大的囊肿，则需要手术治疗。因此卵巢囊肿具体的处理方法应根据其大小以及性质来决定。
如果是较小的生理性的卵巢囊肿，一般不需要吃药，其可随着女性月经周期的变化而出现相应的变化。而如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，口服药物也可让囊肿变小并慢慢消下去。对这种囊肿一般可以口服避孕药，长期连续服用避孕药可造成类似妊娠的人工闭经，从而让囊肿逐渐萎缩变小。不过在治疗时要注意药物的副反应，同时要注意复查肝肾功能及凝血分析。
卵巢囊肿也可辨证服用一些中药来治疗，像小的卵巢囊肿就可以口服桂枝茯苓丸来治疗。另外临床上卵巢囊肿多是由妇科炎症，附件炎，盆腔炎，阴道炎等并发引起的，所以还应进行抗炎抗毒治疗，以帮助囊肿消退。