卵巢囊肿如果是恶性的，是需要手术切除卵巢的，有的还需要切除子宫。而具体的手术方式及切除的范围，应经检查后根据病人的情况来决定。
卵巢囊肿多数为良性的，但也有少数是恶性的。如果检查发现肿瘤标志物升高，就有可能是恶性肿瘤。一般卵巢囊肿有2~4%的恶化率。一般恶性卵巢肿瘤在早期多数是没有症状的，因此易被人们忽视。
如患者B超检查发现双侧都有囊肿，且囊肿的体积增长快，或是超声检查发现囊肿内部有实体成分或血流信号，这些都有可能是恶性肿瘤情况。而对于恶性卵巢囊肿患者，就诊时多数病情都到了晚期，因此在手术治疗时，应尽可能的切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，因此一般手术治疗是需要切除卵巢的，有的还要切除子宫。术后可在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。