囊肿半边卵巢可结合病情选用保守、药物及手术方法治疗。
1.保守治疗
针对于生理性的卵巢囊肿即便是没有进行特殊的治疗，往往会在几个月经周期之后自行消退，患者不必过多担心。当囊肿发生破裂之后，在出血量较小的情况下可采用保守方法治疗，比如止血、抗感染、卧床静养以及输液等，但在治疗期间医生应当监测患者的血压及心率等情况。
2.药物治疗
针对于没有手术指征的卵巢半边囊肿患者，可咨询医生选用中西药物保守治疗。如果为内膜样囊肿，可以咨询医生囗服使用短效避孕药； 但对于怀疑有炎症性囊肿的患者，可以囗服使用抗生素或者是中药活血化瘀。
3.手术治疗
但对于卵巢囊肿较大的患者，已经发展到5厘米以上或是更大时，需根据实际情况展开手术方法治疗，比如输卵管卵巢切除术、卵巢囊肿切除术均能清除囊肿，从而提高该病的治愈率。