卵巢囊肿如果是功能性的可自愈，但如果是病理性的一般不能自愈。
功能性的卵巢囊肿是随月经周期改变而出现的，往往和多个方面因素有非常密切的关系，特别是当女性一段时间内，生活压力过大，休息不充分，心理出现问题等因素影响下，可能会导致机体的功能、免疫力、抵抗力等各个方面下降，容易引发卵巢疾病和内分泌系统疾病，进而会导致卵巢组织异常增生，从而卵巢囊肿形成，这并非是病理性的，会随着月经周期的变化而发生变化，往往在月经来潮之后能够自行消失，可自愈。
但如何卵巢囊肿是病理性的，一般是不能自愈的，对于体积比较小的，可以通过口服药物的形式来进行治疗控制。治疗期间也要定期到医院进行相关方面的检查，尤其是腹部B超检查等，来观察囊肿的大小变化，如果囊肿持续存在，并且短时间内快速的增大，这种情况则应该通过手术的方式来进行治疗。如果女性年轻，有生育的需求，可以切除囊肿，保留卵巢。对于年龄比较大的女性或已经处于绝经期的，有的根据病情，需要考虑将患侧附件切除。