卵巢小囊肿治疗方法有多种，包括保守治疗、药物治疗、手术治疗。其中不同的情况适宜的治疗方法也不一样，患者可根据囊肿情况来合理选择。
1.保守治疗
卵巢小囊肿如果是生理性的，多数在没治疗的情况下，可在几个月经周期后自行消退。而如果囊肿发生破裂，出血量小的，可采取保守治疗，即通过止血、抗感染、卧床静养、输液等处理。在保守治疗期间要注意监测血压、心率等生命体征。
2.药物治疗
小囊肿如果没有手术指征的，可采取药物来治疗。如果为内膜样囊肿，可选择口服短效避孕药来治疗，如炔雌醇环丙孕酮片、去氧孕烯炔雌醇片、屈螺酮炔雌醇片。如果是炎症性囊肿，则可囗服抗生素或有活血化瘀的中药来治疗。如可选择头孢克肟片、甲硝唑片或是益母草颗粒、血府逐瘀胶囊、温经颗粒等。
3.手术治疗
卵巢小囊肿良性的且无症状的，一般可先进行观察。如果是卵巢在慢慢增大，达到5厘米以上甚至更大者，或是囊肿为实质性，还有绝经后出现的囊肿伴有腹痛、下腹坠胀不适症状的，可考虑手术切除囊肿。手术方式包括输卵管卵巢切除术、卵巢囊肿切除术、腹腔镜手术等，可根据情况选择。
卵巢小囊肿在对症治疗的同时，还要注意做好日常护理工作，要注意饮食卫生，避免进食油腻辛辣刺激食物，可多吃些蔬菜、水果及含维生素和矿物质的食物，以提高身体抵抗力。