孕期巧克力卵巢囊肿在一定程度上会有所缩小，但是一般不会消失。这主要是由于怀孕后激素水平持续增高，子宫内膜不再出现周期性的脱落出血，巧克力囊肿也会暂时不再增长。
巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。这种囊肿的内容物一般会呈现出巧克力一样的颜色和形状，如果不及时治疗，囊肿的体积会逐渐增大，虽然发生恶变的概率比较小，但还是需要尽快到医院处理。
如果患者在发现该病时已经怀孕，对于囊肿体积小于5cm并且不伴随明显的症状的患者，可以通过定期复查来监测病情，但是如果囊肿的体积比较大，并且可能伴随腹部疼痛等症状，可以在怀孕三个月后进行卵巢囊肿切除术，以免在怀孕中后期由于子宫逐渐增大而导致囊肿破裂或者蒂扭转，严重威胁患者的生命安全。