生理性右侧卵巢囊肿的患者，根据医生的指导建议下，可以进行常规治疗、药物治疗、手术治疗等。
1、常规治疗：对生理性右侧卵巢囊肿的患者只需要进行定期监测，没有特殊就不需要治疗，一般超声动态监测1~2个月/次就行。还可以进行热敷腹部疼痛部位，缓解痉挛，减轻疼痛。
2、药物治疗：大部分生理性卵巢囊肿患者无需用药治疗，如果是反复出现生理性卵巢囊肿的患者，还伴随疼痛，可以使用药物进行对症治疗，如使用避孕药炔雌醇环丙孕酮、去氧孕烯炔雌醇等·，服用后可以防止排卵，以免形成更多的卵巢囊肿。还可以使用止痛药，如布洛芬、对乙酰氨基酚，缓解盆腔疼痛等不适。
3、手术治疗：进行腹腔镜手术，一般对于比较小的囊肿适用，在患者肚脐上下切开一个小口，将带有摄像头的腹腔镜插入腹中，观察其病情、手术切除病灶，可以保留完整的卵巢，但无法阻止新的卵巢囊肿形成。或者进行开腹手术，对于癌变的囊肿很有效，在腹部切开大口，有利于仔细检查手术区，切除病灶。
生理性右侧卵巢囊肿的患者多数无需特殊治疗，可随月经周期而自行消退。但应该重视疾病的变化情况，以及要和其他卵巢囊肿的鉴别。