卵巢囊肿多属于良性病变，因此一般不做手术不会发生癌变，但如卵巢囊肿长期得不到治疗，也有可能癌变。尤其是生长迅速的双侧性囊肿，癌变几率较大，应及时手术治疗。
针对卵巢囊肿，如果是一般的生理性囊肿，多数不会癌变，可以观察2~3个月再处理。如不消失或有增大现象的，应及早手术治疗。而如果囊肿有炎性积液现象的，要及时给予抗生素配合盆腔理疗进行治疗，一般可帮助囊肿缩小或是消退。
其中也有一些卵巢囊肿是需要及时手术治疗的，否则有癌变可能，且会增加治疗难度。如子宫内膜异位囊肿，其恶变几率为1%，这类囊肿应及时手术治疗。而如果卵巢囊肿大于5cm的，也需要尽早手术治疗。对于良性囊肿，有生育要求或者年轻患者，可选择腹腔镜下卵巢囊肿剥除术，这种手术创伤小，恢复比较快。如果囊肿不治疗，囊肿增长的较大，就算是不会癌变，也会增加手术难度，所以有卵巢囊肿应及时治疗。
