1.一般治疗
急性期必须卧床休息，必要时给予输液。根据病情给予流质或半流质饮食。慢性患者应加强营养，以增强体质。
2.病原治疗
(1)甲硝咪唑(灭滴灵) 对阿米巴滋养体有较强的杀灭作用且较安全，适用于肠内肠外各型的阿米巴病，为目前抗阿米巴病的首选药物。
(2)甲硝磺酰咪唑 是硝基咪唑类化合物的衍生物。疗效与灭滴相似或更佳。
(3)吐根碱 对组织内滋养体有有高的杀灭作用，但对肠腔内阿米巴无效。本药控制急性症状极有效，但根治率低，需要与卤化喹啉类药物等合量用药。本药毒性较大，幼儿、孕妇，有心血管及肾脏病者禁用。如需重复治疗，至少隔6周。
(4)卤化喹啉类 主要作用于肠腔内而不是组织内阿米巴滋养体。对轻型、排包囊者有效，对重型或慢性患者常与吐根碱或灭滴灵联合应用。
(5)其他 安特酰胺、巴龙霉素、安痢平，以上3药都作用于肠腔内阿米巴。
(6)中草药 鸦胆子，大蒜，白头翁。
以上各种药物除灭滴灵外，往往需要2种或2种以上药物的联合应用，方能获得较好效果。
3.并发症的治疗
在积极有效的灭滴灵或吐根碱治疗下，肠道并发症可得到缓解。暴发型患者有细菌混合感染，应加用抗生素。大量肠出血可输血。肠穿孔、腹膜炎等必须手术治疗者，应在灭滴灵和抗生素治疗下进行。
肠阿米巴病若及时治疗预后良好。如并发肠出血、肠穿孔和弥漫性腹膜炎以及有肝、肺、脑部转移性脓肿者，则预后较差。治疗后粪检原虫应持续6个月左右，以便及早发现可能的复发。
4.诊断性治疗
如临床上高度怀疑而经上述检查仍不能确诊时，可给予足量吐根碱注射或口服安痢平、灭滴灵等治疗，如效果明显，亦可初步作出诊断。
