1.内科治疗
(1)抗阿米巴治疗 选用组织内杀阿米巴药为主，辅以肠内杀阿米巴药以根治。目前大多首选甲硝唑，治愈率90%以上。无并发症者服药后72小时内肝痛、发热等临床情况明显改善，体温于6～9天内消退，肝肿大、压痛、白细胞增多等在治疗后2周左右恢复，脓腔吸收则迟至4个月左右。
(2)肝穿刺引流 早期选用有效药物治疗，不少肝脓肿已无穿刺的必要。对恰当的药物治疗5～7天、临床情况无明显改善，或肝局部隆起显著、压痛明显，有穿破危险者采用穿刺引流。穿刺最好于抗阿米巴药物治疗2～4天后进行。穿刺部位多选右前腋线第8或第9 肋间，或右中腋线上第九或十肋间或肝区隆起、压痛最明显处，最好在超声波探查定位下进行。穿刺次数视病情需要而寂静，每次穿刺应尽量将脓液抽净，脓液量在 200ml以上者常需在3～5天后重复抽吸。脓腔大者经抽吸可加速康复。近年出现的介入性治疗，经导针引导作持续闭合引流，可免去反复穿刺、继发性感染之缺点，有条件者采用。
(3)抗生素治疗 有混合感染时，视细菌种类选用适当的抗生素全身应用。
2.外科治疗
肝脓肿需手术引流者一般8cm)，穿刺易伤及邻近器官者;③脓肿穿破入腹腔或邻近内脏而引流不畅者;④脓肿中有继发细菌感染，药物治疗不能控制者;⑤多发性脓肿，使穿刺引流困难或失败者;⑥左叶肝脓肿易向心包穿破，穿刺易污染腹腔，也应考虑手术。
肝脓肿的治愈标准尚不一致，一般以症状及体征消失为临床治愈，肝脓肿的充盈缺损大多在6个月内完全吸收，而10%可持续至1年。少数病灶较大者可残留肝囊肿。血沉也可作为参考指标。
