1.食管巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV) 食管CMV感染常可伴有其他内脏感染，因此常可在胃、肠黏膜及黏膜下发现CMV。免疫重度抑制而长期存活的患者，CMV常可引起食管溃疡，且易合并HSV、真菌及细菌感染。如果并发念珠菌感染或者胃酸反流，则患者常伴持续性食管疼痛。
2.水痘-带状疱疹病毒感染 水痘-带状疱疹病毒(varicetla-zostervirus，VZV) 偶尔可在成年人导致食管的带状疱疹和在儿童导致食管出现水痘，一般能自愈。然而，在重度免疫抑制和免疫功能低下的患者，VZV可导致坏死性食管炎。食管中既可见到疱疹也可见到融合成片的坏死灶。食管刷取物和活检标本中可见到HSV感染中类似的表现，但免疫组织学检查可将两类感染区分开来。在皮肤无带状疱疹的情况下，VZV感染可进一步导致内脏的播散性感染。对以前有VZV感染者可用ACV进行有效预防。
3.人类免疫缺陷病毒感染 食管可成为人类免疫缺陷病毒(human immune deficiency virus，HIV)感染的原发部位，可出现多个小溃疡。临床表现有发热、腹泻、吞咽疼痛及一过性的皮疹。
4.乳头瘤病毒感染 乳头瘤病毒(papillomavirus)可导致正常人鳞状上皮长出疣和扁平湿疣。乳头瘤病毒感染食管较肛门、会阴部少见，病变为皮肤疣和扁平湿疣的一种翻版。
