玻璃体切割术有时会产生一些并发症，因此对手术所产生的并发症要进行预防，如果发生，要及时处理。玻璃体切割术常见的并发症有以下一些。
(1)角膜水肿：常发生在糖尿病患者。因为糖尿病患者角膜内皮细胞密度降低，若合并晶体切割更易发生，一般能自行消退。
(2)白内障：糖尿病患者术后易发白内障，有时可同时摘除白内障。灌注液的影响有时造成暂时性晶体混浊，最好用谷胱甘肽—碳酸氢钠—林格氏液，切割头不要靠近晶体后囊或对着晶体后囊切割，以免造成外伤性白内障。
(3)玻璃体嵌顿：玻璃体嵌顿于切口，可产生纤维血管膜，发生玻璃体牵引。因此应彻底清除切口可能存在的玻璃体。
(4)玻璃体出血：术中术后都可引起。术中出血可提高灌注液瓶以提高灌注压，还可用水下电凝止血。术中术后对病变视网膜光凝可预防出血。术后出血大多能自行吸收，观察3-6个月不吸收者可再次手术。
(5)青光眼：是术后常见并发症。若为一时性小梁水肿或炎症造成，药物能控制。若为血影细胞性青光眼，先用药物治疗，顽固病例可作前房冲洗。术后也可发生新生血管性青光眼，药物治疗一般无效，可试行滤过术或睫状体冷冻术。
(6)视网膜裂孔或视网膜脱离：术中照明不良，或组织分辨不清，切割头直接吸引视网膜或牵拉与视网膜粘连的玻璃体条索时可能发生。故术时必须有良好的显微镜和接触镜，照明要充分，切割头必须锋利，不可牵拉条索。近视网膜切割时应用低吸力、高切割率。术时发现视网膜裂孔，用眼内激光作预防光凝。发生网膜脱离时可用眼内激光或冷凝封孔，玻璃体注气，巩膜外加压，环扎等方法处理。
(7)眼内炎：较少见。按常规治疗。亦可再行玻璃体切割术。
(8)交感性眼炎：与其它内眼手术发病率相当。对症治疗。