病原体通过飞沫、直接接触等途径传入，平时隐藏在扁桃体小窝内，当人体因劳累、受凉或其他原因而致抵抗力减弱时，病原体迅速繁殖而引起发病。炎症自小窝开始，再遍及整个扁桃体。急性炎症时，扁桃体实质内充血，有多形核白细胞浸润，在粘膜表面，可见黄白色斑点。扁桃体明显肿胀，并可形成多数小脓肿。小窝内由纤维素、脱落上皮和脓细胞等组成的脓性渗出物向小窝口排出，故在扁桃体小窝口可见脓点。慢性炎症的病理改变明显，淋巴细胞、网状细胞增生活跃，扁桃体肥大。小窝粘膜上皮增厚、表面角化过度或形成小溃疡。角化物、炎性渗出物、脱落上皮细胞、白细胞、细菌等混合形成干酪样物的栓子，塞于小窝口。长期炎症可致扁桃体内小血管闭塞，淋巴组织变性，逐渐为结缔组织代替，此后扁桃体日益缩小，最后导致扁桃体纤维化。小窝口因瘢痕而狭窄，其内容物难以排除，常成为病灶。
口咽部易遭受病菌的侵袭而发炎，这些细菌可能是外界侵入的，亦可能隐藏于扁桃体隐窝内。正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整和粘液腺不断分泌，可将细菌随同脱落的上皮细胞从隐窝口排出，因此保持着机体的健康。当机体因寒冷，潮湿，过度劳累，烟酒过度等原因造成抵抗力下降，细菌繁殖加强，扁桃体上皮防御机能减弱，腺体分泌机能降低时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎。临床上分为急性和慢性两种，扁桃体炎的致病原以溶血性链球菌为主，其他如葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌以及病毒等也可引起。
扁桃体炎中医病因学
扁桃体炎相当于中医学“乳蛾”的范畴，急性扁桃体炎相当于“风热乳蛾”，慢性扁桃体炎相当于“虚火乳蛾”。风热乳蛾多因气候骤变，寒热失调，肺卫不固，致风热邪毒乘虚从口鼻而从侵喉核，或因过食烟酒等，脾胃蕴热，或因外感风热失治，邪毒乘热内传肺胃，上灼喉核，发为本病;虚火乳蛾多因风热乳蛾或温病之后余毒未清，邪热耗伤肺阴，或因素体阴虚，加之劳倦过度，肾阴亏损，虚火上炎，蒸喉核，发为本病。
