患者及带病毒者为传染源。病毒主要从粪便排出，持续1～18周，也可从咽部排出，时间短，约持续3周。患者脑脊液、血液、胸水、皮疹疱浆、骨髓、唾液及尿中均可分离出病毒。主要通过肠道传播，也可经呼吸道或由污染的手、食品、衣服、用具等传播。
柯萨奇病毒和埃可病毒传播极广，夏秋季发生流行较多。小儿受染机会虽较成人为多，但也有主要侵犯成人的流行报道。这些病毒的传染性很强，易在家庭及集体机构中散布，继发感染可高达40%～70%，但隐性感染远较显性感染者多，其比例可达130∶1。本病终年可见，以夏秋为多。同一地区每年流行的病毒型常有改变，此为其流行特点。由于健康人尤其小儿粪便带病毒率较高(5%～50%)，因此在诊断肠道病毒感染时，除粪便病毒分离外，尚应有血清免疫学方面的证据。
肠道病毒感染绝大多数病情较轻，一般都可顺利恢复。新生儿全身感染影响心、脑、肝等重要器官时，病情危重，预后差。急性中枢神经系统感染也很少发生瘫痪，轻瘫者恢复快，极少留下后遗症。大流行中个别病毒侵犯延髓、脑桥者，也可危及生命。急性心肌炎大都恢复，也可发生猝死，个别患者病程迁延或反复发作，可导致慢性心肌病。
重视环境卫生和个人卫生，加强体格锻炼，均有助于防止本病的流行。对接触患者的婴幼儿，可注射丙种球蛋白3～6ml或胎盘球蛋白6～9ml以预防感染。也有广泛服用脊髓灰质炎减毒活疫苗，使产生肠道干扰作用而控制其他肠道病毒引起的无菌性脑膜炎的流行。这是一种非特异性的预防措施，值得进一步研究。由于柯萨奇病毒、埃可病毒及其他肠道病毒型别甚多，故制备型特异的疫苗有一定困难，目前尚不能普遍应用。近年来不少人主张对一些与大流行有关的型别，如经常引起无菌性脑膜炎流行的柯萨奇A7型病毒和埃可9型病毒，和经常引起严重心肌炎的柯萨奇B组2、3、4、5型病毒等，应积极制备减毒活疫苗。