1.胃肠道动力紊乱
IBS患者小肠消化间期移行性复合运动异常，周期明显缩短，空肠出现较多离散的丛集收缩波，且腹痛发作者中多数与之有关，这些变化在应激和睡眠中更为明显。
2.内脏感觉异常
研究发现IBS患者多数具有对管腔(直肠)扩张感觉过敏的临床特征，其平均痛觉阈值下降，直肠扩张后的不适程度增强或有异常的内脏-躯体放射痛，提示脊髓水平对内脏感觉信号处理的异常。
3.精神因素
心理应激对胃肠道功能有显著影响，它在IBS症状的诱发，加重和持续化中起重要作用，相当一部分患者伴有心理障碍，其中以焦虑，抑郁为主。
4.肠道感染
部分IBS患者在发病前有肠道感染史，在由各种病原(包括细菌，病毒，寄生虫)感染引起的胃肠炎患者中有部分发生肠功能紊乱，有10%可发展为感染后IBS。
5.其他
部分IBS患者的症状与食物有关，可加重其症状，食物中的纤维发酵可能是过多气体产生的原因，此外，肠道菌群的紊乱可能也是产生症状的原因之一。
