应与冠心病、特发性扩张型心肌病、酒精性心肌病等鉴别。
1.冠心病 本病与锥虫性心肌炎一样可累及心肌，造成心脏扩大，均可有心律不齐、心力衰竭等。冠心病多见于45岁以上的男人和绝经期后的女性，年龄大者更多见。冠心病往往有多种患病因素，如高脂血症、高血压、糖尿病、肥胖少动、家族史等。而锥虫性心肌病多有曾在克鲁斯锥虫流行地区居住过史，克鲁斯锥虫的血清学实验阳性，往往有Chagas心脏病的临床表现等可与该病进行鉴别。
2.扩张型心肌病 可有家族史，病程长，进展缓慢，扩张型心肌病心脏常明显扩大，可有动脉栓塞现象，病毒分离阴性，血清病毒中和抗体效价无短期内增高，心电图常有各种心律失常，有时可见病理性Q波。晚期可出现心脏扩大和心力衰竭的症状。锥虫性心肌炎有曾在克鲁斯锥虫流行地区居住过史，克鲁斯锥虫的血清学实验阳性和典型的临床症状和体征。
3.酒精性心肌病 该病患者有大量饮酒、长期饮酒史(多持续10年以上，每天纯乙醇量125ml);出现心脏扩大、心律失常、胸痛、血压偏高等改变，晚期可出现充血性心力衰竭。虽与本病的部分症状、体征相近似，但要从流行病史、克鲁斯锥虫的血清学实验阳性及常并发多器官扩张等表现进行鉴别。