肠滴虫病可通过粪便直接涂片镜检或培养阳性。
1、活滋养体检查：涂片应较薄，方法同查蠕虫卵。气温愈接近体温，滋养体的活动愈明显。必要时可用保温台保持温度。
2、包囊的碘液染色检查：直接涂片方法同上，以一滴碘液代替生理盐水。如碘液过多，可用吸水纸从盖片边缘吸去过多的液体。若同时需检查活滋养体，可在用生理盐水涂匀的粪滴附近滴一滴碘液，取少许粪便在碘液中涂匀，再盖上盖片(图21-1)。涂片染色的一半查包囊;末染色的一半查活滋养体。
3、隐孢子虫卵囊染色检查：目前较佳的方法为金胺酚改良抗酸染色法。对于新鲜粪便或经10%福尔马林固定保存(4℃1个月内)的含卵囊粪便都可用此法染色。染色过程是先用金胺-酚染色，再用改良抗酸染色法复染。