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乳头状囊腺癌的预后意见不一,有人认为其生长缓慢,转移晚,属低度恶性;也有人认为此瘤的淋巴转移率极高,且转移较早,预后较差,有人提示其预后介于腺样囊性癌与粘液表皮样之间,据Eneroth报告,其5年生存率为78%,20年生存率为41%,国内董绍忠报告,其5年生存率为58.6%。