1.手术治疗
肠系膜静脉血栓的治疗包括抗凝治疗和抗凝复合手术治疗两种。对急性或亚急性肠系膜缺血的患者，一经诊断即应开始给予肝素治疗。肠系膜上静脉血栓形成的患者不是都需要手术探查，但有明确腹膜炎体征的患者须紧急手术。在术中如果肠系膜静脉血栓形成的诊断得以确立，即应开始抗凝治疗。由于缺血区肠管和正常肠管之间缺乏明确的界限，一味强调获得正常的肠管断端进行肠切除可能导致切除过多有生机的肠管。故对该病实施肠切除的态度应当更加谨慎，以尽可能保存有生机的肠管为原则。
避免切除过多可能存在生机的肠管，最好采取24小时后二次探查的方法。二次探查对于受累肠管广泛且存在一定肠系膜血流的患者尤其适用。在某些情况下，也可选择实施保守的肠切除后不进行肠管一期吻合，而将断端拖出腹壁造口的方法，将造口作为观察肠管生机的窗口，可以使一些条件较差的患者免于二次探查。少数情况下，如果血栓形成时间较短且局限于肠系膜上静脉，可以进行血栓切除术。范围更为广泛的血栓，不宜实施取栓术。动脉痉挛是一种常见情况，通过联合应用动脉内罂粟碱输注、抗凝以及二次探查的方法，可以避免切除有可能恢复生机的缺血肠管。
2.药物治疗
如果没有出现肠坏死，肠系膜静脉血栓形成可以不采取手术，而给予药物治疗。不过目前还没有指标能够准确地指示患者肠坏死的危险。对于没有腹膜炎或穿孔的患者，不需要静脉抗生素治疗。但是，在患病早期立即给予肝素抗凝治疗，可以明显提高患者的存活率，降低复发率，即使在手术中应用也在所不惜。全身肝素治疗开始时可给予肝素5000U静脉注射，随后持续输注，保持活化部分凝血活酶时间为正常的2倍以上。即使存在消化道出血的情况，如果出现肠坏死的风险大于消化道出血的风险，也可以给予抗凝治疗。
3.其他治疗
其他支持治疗手段包括胃肠减压、液体复苏和禁食。在明确肠管无进一步缺血后，可口服抗凝药物。尽管可能出现食管静脉曲张和出血，但长期抗凝治疗的好处仍然超过出血的风险。对没有新的血栓形成的患者，抗凝治疗的时间应维持6个月至1年。
导管置入门静脉注入尿激酶或组织纤维蛋白溶酶激活物，进行直接溶栓的方法只有少量尝试性报道。由于有较高的出血风险，且患者就诊较晚，溶栓治疗成功率低，使该方法只能在少数病例取得成功。如果血栓位于较大的血管，预后较差，实施直接溶栓的预期效益超过出血的风险，可以考虑进行插管直接溶栓。
