东方马型脑炎潜伏期为7～10天。除一部分病人有前驱症状如倦怠、食欲缺乏、腹痛、咽痛、头痛外，临床经过分三个阶段。
⒈初热期
急性起病，突然出现寒战、高热，伴剧烈头痛，恶心呕吐，眼结膜炎等症状，体温很快升至39℃以上，持续2～3天，稍下降，然后再上升进入极期。
⒉极期
主要表现为持续高热(40℃以上)和明显中枢神经系统症状、体征。病人有剧烈头痛、呕吐、肌张力增强，谵妄或嗜睡，很快进入昏迷或惊厥。颈项强直明显，凯尔尼格征阳性，腹壁反射和提睾反射消失，四肢肌肉痉挛，部分病人表现麻痹。部分病人有眼肌麻痹，眼睑下垂、偏视。病重者因严重脑水肿发展成脑疝，引起呼吸不规则，直至呼吸心跳停止。也可因合并肺感染而死亡。死亡多发生在病后2周内。此期一般持续7～8天。
⒊恢复期
病程约10天后，体温开始下降，各种症状逐渐改善和恢复，病重者发热持续时间要长一些。通常遗留有语言障碍、嗜睡状、定向力差，对周围事物漠不关心或步态失调等。脑神经和支配四肢肌肉的神经麻痹者，多为永久性损害。