1.播散性脑脊髓炎 是一种广泛散在性病损的急性疾病，具有自限性，多为单一病程。另外，该病常有发热、木僵和昏迷，而这些特征在MS很少见。
2.系统性红斑狼疮和其他少见的自身免疫性疾病(混合性结缔组织病，舍格伦综合征，硬皮征，原发性胆汁性肝硬化) 在CNS白质可有多个病灶。这些疾病的CNS损伤与潜在的免疫性疾病的活动性或诸如针对自身DNA或磷脂的自身抗体的水平相平行。多先有或合并有其他系统性损害，但也有脱髓鞘或大脑半球的病损先于其他系统器官的例子。5%～10%的MS患者携带抗核或抗双链DNA抗体而没有狼疮或其他系统损害的表现。
另外，有人指出MS患者亲属中各种自身免疫性疾病的患病率比预期率高。说明MS与自身免疫性疾病之间有一种尚未证明的联系。红斑性狼疮在MRI上的病灶很像硬化斑，视神经和髓鞘都可受累，甚至可反复地连续发作，很像MS，但病理为小血管炎或栓死而致的小区域梗死性坏死，而非脱髓鞘炎性，个别也可见炎性脱髓鞘性病灶而无血管性改变。目前认为还是将上述类似MS情况看作红斑性狼疮或相关疾病的特异表现为好。
3.白塞病 以再发性虹膜睫状体炎、脑膜炎、黏膜及生殖器溃疡;关节、肾、肺部症状以及大脑多发性病灶为鉴别特征。
4.脊髓压迫征 单纯的脊髓型MS常伴有不同程度的后索受累。进行性痉挛性轻截瘫的单纯脊髓型MS的诊断特别困难。前面已经提到，脊髓型MS特别倾向于影响老年女性，这种情况应仔细排除因肿瘤或颈椎关节病变而致的脊髓压迫征。在病程某段时间出现根性疼痛常是脊髓压迫征的表现，在MS则少见。颈部疼痛、活动受限和因神经根受累引起的严重肌肉萎缩可见于脊椎关节病变而MS很少有以上症状。作为一般规律，在脱髓鞘性脊髓病的早期可见腹部反射消失，男性出现阳痿和膀胱功能障碍，而在颈椎关节增生的病例上述症状则出现在晚期，或者根本不出现。CSF蛋白含量在脊髓压迫征可显著升高。但无其他MS特异性蛋白的异常。最有价值的鉴别方法是MRI和CT脊髓显影术，任何神经系统体征仅限于脊髓的进行性痉挛性轻截瘫，都应进行脊髓显影。
5.颅底凹陷症和扁平颅底 这种患者短颈，放射检查可确定诊断。因颅底骨发育畸形以及颅骨孔、脑桥小脑角、斜坡和其他颅后窝肿瘤等引起的神经综合征也可被误诊为MS。在上述情况，一个孤立而部位特别的病灶可引起脑干、小脑、后组脑神经和上颈髓的神经症状和体征，而易被认为是一播散性病损。如患者所有的症状和体征可以用神经轴某一区域的一个病灶解释，就不应诊断MS，是临床应遵循的规则。
6.遗传性共济失调 偶尔MS可与遗传性共济失调相混淆。后者常有家族史及其相关的遗传特性，呈隐匿性发病、慢性持续进展，具有对称性和特异临床方式。腹壁反射和括约肌功能完好、弓型足、脊柱后侧凸、心脏病是支持遗传性疾病的一些常见特征。
7.球后视神经炎 球后视神经炎多为双眼同时发病，表现为视力急剧下降，并伴有眼球疼痛，无中枢神经受损的症状和体征，查有视乳头水肿，经治愈后一般不复发。MS在病程中常侵犯视神经，导致视力障碍，早期易与单纯球后视神经炎混淆，大多数学者认为25%～35%的视神经炎可发展为MS。但视神经炎多损害单眼，常伴有中心暗点加周边视野缺损，且病程中无缓解复发的特点。MS常先后两眼均受累，少有中心暗点，有明显缓解与复发。
