乳头状囊腺癌的预后意见不一，有人认为其生长缓慢，转移晚，属低度恶性;也有人认为此瘤的淋巴转移率极高，且转移较早，预后较差。有人提示其预后介于腺样囊性癌与粘液表皮样之间。据Eneroth报告，其5年生存率为78%，20年生存率为41%。国内董绍忠报告，其5年生存率为58.6%。