PCS的治疗目的是消除病因，控制感染，胆道引流通畅。单纯的“对症治疗”疗效不佳。因此，治疗前必须探讨病因，明确诊断。治疗方法分非手术与手术治疗。
(一)非手术疗法
1.适应证
①胆管结石直径<1cm，胆管下端又无狭窄者。②胆道感染尚无明显胆管梗阻者。③急性或慢性胆囊炎、胰腺炎。④胆道蛔虫症。⑤胆道功能紊乱。⑥胆系外疾病如食管裂孔疝、消化性溃疡、慢性胰腺炎等。
2.治疗方法
①一般疗法 包括饮食疗法、输液，纠正水、电解质与酸碱平衡失调。②抗生素、解痉止痛剂、抗酸剂、H2-受体阻断剂等。③中医中药 中医、中药辨证论治对胆囊、胆管结石、胆道感染、胰腺炎、胆道蛔虫等疾病具有良好疗效。胁痛、苍白、脉弦、肝气淤滞者柴胡疏肝散加味;胁痛、发冷发热、口苦咽干、黄疸、舌红苔黄腻、脉滑数属湿热内蕴者，大柴胡汤合茵陈蒿汤治之;胁痛、高热、口干、黄疸、苔黄、脉弦数属火毒炽盛者应用黄连解毒汤加茵陈蒿汤治疗。此外，如伴胰腺炎用药以清胰汤(柴湖、木香、元胡、白芍、黄芩、大黄、芒硝等)为主;如伴蛔虫可加乌梅汤治之。④直刺 用以止痛、调节胆道功能。
(二)手术疗法
1.适应证
①反复发作的较大胆管结石、肝内胆管结石、壶腹嵌顿结石、胆管狭窄合并胆管结石。②胆管狭窄反复发作胆道感染，梗阻性化脓性胆管炎。③Oddi括约肌狭窄，慢性胰腺炎伴壶腹部或胰管梗阻。④胆囊管遗留过长，形成有炎症的小胆囊。⑤药物难以治愈的胆系外疾病，如食管裂孔疝、溃疡病等。
2.手术方法
根据病变情况，决定手术方式。①有胆囊或胆囊管遗留过长者，应行胆囊切除术或胆囊管切除术。②胆管结石者应行胆总管切开探查，清除结石及各种胆肠吻合术或经内镜括约肌切开术、取石术等。③Oddi括约肌狭窄可行括约肌切开成形术。④胆管狭窄者可行胆总管成型修复术，或胆道消化道重建术。如胆总管十二指肠吻合术，胆管空肠Roux-y吻合术，Longmire手术等。⑤症状严重的胆系外疾病，如食管裂孔疝、溃疡病等也应给予相应的药物或手术治疗。
