贝氏等孢球虫寄生在人十二指肠末端和近端空肠上皮细胞内，患者粪便中含有卵囊，为本虫感染阶段，卵囊呈长椭圆形，大小约为(20～33)μm×(10～19)μm，一端稍窄，呈瓶颈状，囊壁内外两层光滑透明，内层薄膜状，外层较坚硬而通透性相对较低，新鲜排出的卵囊通常含有一个成孢子细胞，但有时亦可有两个，当粪便排出后，成孢子细胞一分为二并分泌囊壁，形成大小约(7～9)μm×(12～14)μm的孢子囊，每个孢子囊经两次分裂，最终形成4个子孢子和一团颗粒状残留体，子孢子细长如新月状，因此，每个成熟的卵囊含有两个孢子囊，每个孢子囊又含有4个子孢子。
等孢球虫的生活史，包括裂体生殖，配子生殖和孢子生殖，前两者在宿主体内进行，人误食被成熟卵囊污染的食物或饮水后，卵囊在小肠内受消化液作用破裂，子孢子逸出并进入小肠黏膜上皮细胞内发育为滋养体，滋养体经数次裂体生殖后产生大量裂殖子，裂殖体破裂释放出裂殖子并侵入邻近的上皮细胞内继续其裂体生殖过程，大约1周后，部分裂殖子在上皮细胞内或肠腔中发育为雌，雄配子母细胞与雌，雄配子，经交配后形成合子并分泌囊壁发育为卵囊，在体内或随粪便排出并继续发育。