甲胎蛋白和癌胚抗原被认为是肿瘤标志物而成为肿瘤筛查的常查项目。甲胎蛋白常用于早期筛查胎儿是否存在先天缺陷的生物标志物，癌胚抗原则是一种肿瘤细胞表面抗原其水平与肿瘤的进展程度及预后相关。
甲胎蛋白由卵黄囊和胎儿肝细胞合成，在胎儿血液中含量高，出生后含量下降，正常成年人的甲胎蛋白水平一般很低，但如果肝细胞癌变时，又会产生甲胎蛋白。甲胎蛋白能够在肝癌出现症状前8个月就有异常升高，因此甲胎蛋白被看成是原发性肝癌特异性肿瘤标志物，有确诊和早诊的作用。另外通过监测产妇羊水或血液中的甲胎蛋白可以判断胎儿某些先天性疾病如神经管缺损，脊柱裂无脑儿等。
癌胚抗原是在胚胎时期消化系统产生的一种蛋白，出生后血液中癌胚抗原稀少，健康人血清中的癌胚抗原的参考值在2.5ng/mI以下。血液中的癌胚抗原滴度升高提示有肿瘤的可能性，滴度越高恶性肿瘤的可能性就越大，但癌胚抗原作为肿瘤标志物没有特异性，它只能作为一种广谱肿瘤标志物，其他疾病如糖尿病，心血管疾病等都有癌胚抗原升高的现象。
甲胎蛋白和癌胚抗原检测只是肿瘤早期筛查和诊断的辅助手段，其结果需要与其他检查手段如影像学检查、组织学检查等结合起来，方可得到正确的诊断结果。