艾滋病在治疗过程中会有很多的不良反应，而且治疗将会是一个比较漫长的过程。较常见的有消化系统不良反应，常见，表现：恶心、呕吐、腹胀、腹泻等（蛋白酶抑制剂、去羟肌苷和齐多夫定）。治疗后的头2个月内，但大多数并不严重，对症处理。如与食物同服，可减少某些消化系统不良反应。
骨髓抑制，由齐多夫定引起，表现：贫血和/或粒细胞减少。贫血发生率1～4%，粒细胞减少2~5%。基线CD4低的患者容易发生。Hb或Hct较基线水平下降 >25%，则停用AZT。如果粒细胞计数低于750，可考虑停用AZT。（AZT换成TDF) 。严重者：住院（输血、应用EPO、GSF）。
皮疹，皮疹主要由NVP引起，发生率15%，一般发生在治疗后的头3个月内。EFV也可导致皮疹，但较少见。皮疹的分级：1／2级轻或中度（红斑、搔痒、弥漫性斑丘疹、干性脱屑）；3／4级重度或可能危及生命（起疱、湿性脱屑、溃疡、粘膜受累、疑似S-J综合征、毒性上皮坏死溶解、多形性红斑、坏疽、脱落性皮炎）。
在NVP导入期出现轻、中度（1或2级）皮疹，应延长导入期直到皮疹改善。在NVP导入期后出现轻中度（1或2级）皮疹，继续抗病毒并同时予以抗组胺药。如果中重度皮疹伴有发热，应进行肝功检测。任何阶段出现3或4级皮疹，应停止所有抗病毒治疗药物。(NVP/EFV换成LPV/r)。
肝毒性，较常见、轻重不一。转氨酶升高到肝坏死。前者发生率8～15%，可由任何PIs和NNRTIs引起。后者发生率1～2%，主要由NVP引起。NVP引起的肝坏死多发生于NVP治疗后的6～18周内。起病突然，流感样表现，发热、皮疹、胃肠道症状、嗜酸粒细胞升高。肝坏死多发生于CD4高的患者（CD4>250的女性发生率11%，CD4>400的男性发生率6%）。
含NVP治疗方案的最初4个月内，ALT或AST>200，停止抗病毒治疗。ALT恢复正常并且症状消失后，开始HAART可含有EFV的抗病毒治疗方案，但最好LPV/r。进行了较长时间抗病毒治疗并且合并HBV或HCV感染，出现ALT>200，可以继续抗病毒治疗，但密切监测ALT和肝炎症状的变化，每10~14天进行一次监测。任何ALT > 400的病人，或出现了黄疸、瘀点、瘀斑、出血、扑翼样震颤等，应立即停止所有抗病毒治疗，住院并对症处理。