1.胃镜检查可以看到食管柱状上皮的特征性红色、天鹅绒般组织特征，与鳞状上皮苍白、光滑的表面截然不同。Barrett黏膜可以呈环周形、岛形、舌形的不同外形表现。
2.内镜下特殊诊断技术的应用可使BE的诊断更容易些。如应用有高清晰度或放大作用的染色内镜简单而安全，,染色剂有亚甲蓝(美蓝)、卢戈碘液、甲苯胺蓝、靛蓝胭脂红。鳞癌、不典型增生、Barrett上皮、胃型化生和某些食管炎不着色，诊断BE的准确性为89%和特异性93%。靛蓝胭脂红是一蓝色对比染色剂，使BE肠化生绒毛样外观突出，因其为对比剂，故最好运用高分辨内镜识别。
3.其他诊断技术还有感光荧光内镜与光散射分光镜等技术。光散射分光镜可用来探察内镜下不典型增生区域，有研究显示这一方法探查不典型增生的敏感性和特异性是90%。