不动杆菌的暴发流行主要发生在院内，主要预防措施是：
1.积极治疗原发病，尽早消除并发不动杆菌感染的诱发因素，及时停用激素。对使用损伤机体免疫力治疗的患者，如放疗和化疗病人应积极给予支持治疗和加强营养，血象明显下降的患者更应引起注意。对于慢性肺病患者住院治疗期间也应加强营养，增强其抵抗能力。
2.限制抗菌药物的滥用和长期应用，尤其应限制对正常菌丛影响明显，易引起菌群失调的广谱抗生素的应用，以免造成机会致病菌，如不动杆菌的感染以及耐药菌株的产生。在一般感染中除非细菌培养和药敏结果有明确指征，应选用妥布霉素、头孢呋辛、甲硝唑等对正常菌群干扰不明显的抗生素。
3.ICU、RICU病房要严格消毒各种呼吸治疗器械，特别是气管插管和套管、吸痰管、雾化吸入器、呼吸机管道，以免把不动杆菌直接带入呼吸道引起感染。医护人员接触病人前必须彻底洗手消毒。
4.呼吸病室、婴幼儿病室要注意空气的消毒。整理床铺时尽可能不要扬起灰尘，床单、被褥要及时更换，特别是有分泌物污染的用品要及时清洗消毒、更换。
5.严格医务人员乃至陪员手的卫生，每接触一次病人都要洗手，随之用氯己定或苯扎溴铵等消毒液消毒。
6.对有不动杆菌感染或原有感染患者的遗物用品应彻底清洗消毒，特别是患者用过的气管套管和其他呼吸管道要认真洗消，可能时用高压蒸汽消毒。
7.医院应该建立常规的不动杆菌检测方法，以便及时发现不动杆菌的感染。对已确定诊断者应予以隔离治疗，以免感染的院内传播与扩散。一旦发现感染应及时进行流行病学调查，其中包括确定传染源，传染区，菌株、菌型的鉴定和耐药菌株的检测，以便为预防治疗提供可靠依据。