新生儿病毒性肝炎是由乙型肝炎病毒或甲型肝炎病毒感染引发。目前已知的肝炎病毒有五型，而甲型和戊型多表现为急性肝炎，乙型、丙型、丁型则表现慢性肝炎。治疗方法包括抗病毒治疗、对症治疗、保肝治疗。
1.抗病毒治疗：抗病毒治疗是针对急性乙型肝炎和急性丙型肝炎的患儿，可用到恩替卡韦分散片、富马酸替诺福韦二吡呋酯片等抗病毒药物，以上药物均可修复损伤肝细胞。
2.对症治疗：如患儿有发烧，可服用退烧药物治疗，例如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等。出现恶心、呕吐等症状后，要先进行止吐治疗，可补充适量葡萄糖溶液。对伴有黄疸症状的患者，要做到保肝降酶、退黄治疗，可选复方甘草酸苷片、水飞蓟宾胶囊。
3.保肝治疗：保肝处理是甲型肝炎的主要治疗方案，会将茵桅黄片加入到葡萄糖后，做静脉注射治疗。对患儿多以泡服方法来服用。
4.饮食治疗：控制患儿饮食，适量的喝牛奶，吃柠檬或者火龙果之类的水果，补充蛋白质与维生素。
5.中医治疗：针灸治疗，在针刺足三里穴等专业穴位下针，以缓解肝炎，或是做穴位敷药治疗。
新生儿肝炎注重早发现早治疗，尽快住院治疗。若条件不允许，可在家做隔离治疗。平时多注意休息，做到合理饮食，有助于肝炎恢复，日常进食许以清淡为主，多摄入蛋白质和维生素。