夏秋季发病者应和日本乙型脑炎鉴别，后者脑CT或MRI多有基底核区病变。散发的患者在和单纯疱疹性脑炎鉴别时，除注意后者唇周常有疱疹外，脑CT和MRI常示颞叶及额叶腹侧有显著的损害。此外，尚需和结核性脑膜炎，真菌性脑膜炎，梅毒性脑膜炎及细菌性脑膜炎鉴别。
1.颅内其他病原感染主要根据脑脊液外观、常规、生化和病原学检查，与化脓性、结核性、隐球菌脑膜炎鉴别。此外，合并硬膜下积液者支持婴儿化脓性脑膜炎。发现颅外结核病灶和皮肤PPD阳性有助结核性脑膜炎诊断。
2.Reye综合征因急性脑病表现和脑脊液无明显异常使两病易相混淆，但依据Reye综合征无黄疸而肝功明显异常、起病后3～5天病情不再进展、有的患者血糖降低等特点，可与病毒性脑膜炎或脑炎鉴别。