扁平疣没有最佳的治疗方法一说，需要根据自身情况选择最适合的治疗方法，常用的治疗方法有，内服药物、外用药物、激光治疗等。
1.内服药物：目前尚无确切有效的抗HPV的治疗药物。可使用一些免疫调节剂，如西咪替丁、左旋咪唑、卡介菌多糖核酸注射液、胸腺肽注射液等。
2.外用药物：常用的药物有水杨酸、0.05%~0.1%维A酸软膏、他扎罗汀乳膏或凝胶等，咪喹莫特乳膏安全有效，治疗轻中度扁平疣效果明显优于重度患者。
3.激光治疗：通常采用脉冲染料激光，通过高温使皮损组织坏死、脱落。该疗法可能会导致疼痛和疤痕。
除以上常见治疗方法，还有冷冻治疗、中医的针灸治疗、手术治疗等。需要根据病情的严重程度选择更合适的治疗方法。感觉不适要去医院就诊，不要自己随便用药，以免加重病情。日常注意饮食清淡。