膀胱结合的治疗，可以通过链霉素，对氨水杨酸，使得结合病灶在临床上得到治愈，更加减少了使用手术的机率，通过用异烟肼，采用联合用药的方法，大大地提高了疗效，使得膀胱结核的治疗方法得到巨大的改变。
膀胱结核的治疗，与肾结核治疗一样。40年代以后链霉素、对氨水杨酸相继问世，逐渐被人们发现用药物治疗可使结核病灶获得临床上的治愈。手术治疗日趋减少，而膀胱结核手术治疗就更加减少50年代以后疗效高毒性低，价格廉的异烟肼出现经过实验研究采用联合用药的方法大大提高了疗效，几乎可以治愈全部早期病变膀胱结核的治疗方法从而起了巨大的变化。
1966年利福平问世以来由于其疗效高，副作用少与其他药物联合应用，在膀胱结核的治疗中的疗效更有所提高。膀胱结核是肾结核的一部分，是全身性疾病，的局部表现，治疗中还必须注意提高病人的抵抗力，如增加营养，适当休息等不论膀胱结核病变严重程度如何，都应先给予抗结核药物治疗，然后再考虑有否指征进行外科治疗。
药物治疗目前有临床应用价值的药物较多，但以异烟膀胱结核肼、链霉素对氨水杨酸的疗效较好，毒性较小，被称为第一线药物，其他如氨硫脲(thiosemicarbazide)吡嗪酰胺(pyrazinamide)、卡那霉素(kanamycin)、环丝氨酸(cycloserine)紫霉素(viomycin)等，这些药物效果，不及第一线药物毒性亦较大，仅在结核菌对第一线药物产生抗药性时方始采用故称为第二线药物利福平(Rifampicin)乙胺丁醇(Ethambutol)系较新的药物由于其疗效较高毒性较小，近年来已倾向于取代对氨水杨酸而列为第一线药物。
常用抗结核药物简单介绍如下，异烟肼(isoniazid，INH)：口服后1～2h血清浓度达最高峰，半衰期为6h，24h血中仍可测到有效抑菌浓度由于结核杆菌生长繁殖周期较长又经证明药物疗效和血清高峰浓度有关，而与持续浓度关系不大，故一般用药剂量以每天300mg，1次顿服为宜此剂量很少引起不良反应故可长期服用甚至连续服用数年。异烟肼吸收后迅速渗入组织对纤维化及干酪化病变亦易渗入透过其主要副作用为多发性末梢神经炎据认为与维生素B6排出增加或干扰维生素B6(吡哆醇)代谢有关。因此服用异烟肼应同时服用维生素B65～10mg以防副作用。
链霉素(streptomycin)：肌内注射后1h血清浓度最大，3h后下降50%约60%～90%经肾自尿内排出，在pH7.7～7.8时作用最强，pH低于5.5～6.0时作用明显减弱如同时服用碳酸氢钠碱化尿液可增强其疗效。经链霉素治疗的结核病灶易倾向于纤维化。其主要副作用是对第Ⅷ对脑神经的影响，尤其是前庭支有的用药后可出现过敏性休克抢救比较困难，亦难以采用皮肤试验加以预测。对氨水杨酸(p-aminosalicylicacid)：服药后1～2h血浆浓度可达高峰，4～6h后血中仅存微量每天剂量8～12g分3～4次服用。本药单独应用疗效较差，但能加强链霉素及异烟肼抗结核杆菌的作用并能使抗药性延迟发生，三者联合应用有利于发挥治疗作用本药对肾功能影响小，其主要副作用为胃肠道症状，如恶心呕吐、腹泻由于单独应用疗效差并有胃肠道反应现有逐渐被利福平乙胺丁醇取代的趋势PAS不宜与利福平合用。
利福平(Rifampicin，RFP)：此药对细胞内外旺盛生长的结核杆菌均有作用，杀菌力强其抗结核杆菌的作用比链霉素、对氨水杨酸及乙胺丁醇强，和异烟肼的作用近似。由胃肠道吸收单次口服600mg后2～4h出现峰值，12h血清浓度仍较高，其主要排泄途径是胆道又可在肠内重吸收因此血清内半衰期长健康搜索。30%由肾脏排出与其他抗结核药无交叉抗药性副作用为肝功能损害、转氨酶增高、黄疸等。一般与异烟肼或乙胺丁醇合用，，可相互增强作用且能延迟结核杆菌耐药性的发生此药必须空腹服用，不宜与其他饮料或食品同服服药后1h方可进食。乙胺丁醇(EthambutolEMB)：对各型结核杆菌均有抑菌作用从胃肠道吸收较快，口服后2～4h血浆浓度出现峰值，在血中存留时间较长，24h后由肾脏排出50%但很少在组织内积聚因此比较安全该药吸收及组织渗透性较好，即使干酪纤维灶也能透入。耐药菌株产生较慢约需数月。与异烟肼或利福平同用，可延长使用期。其主要副作用为迟发的球后视神经炎但为可逆性并与剂量有关。剂量一般为每天25mg/kg，1次口服或分服。
膀胱结核2个月后减少至15mg/kg，这一剂量很少出现毒性作用。该药对其他抗结核药无交叉耐药性，目前趋向于取代对氨水杨酸，作为利福平的配伍药，抗结核药物治疗方案的选择：根据国际防痨协会(IVAT)和中国结核病防治会议推荐，按照下述原则用药效果将更为满意。按照规律用药(每天或间歇1次服用或分次服用规定剂量，饭前或饭后，联合应用药物。持续足够的时间，常规疗法的缺点是疗程较长，少数患者，不能坚持用药及规律用药，而导致病变复发，或尿检查结核杆菌及脓尿持续阳性，由于利福平及异烟肼为完全的杀菌药应用利福平及异烟肼的两期疗法即开始强化阶段随后继续巩固阶段，疗效很高，用药期少于12个月也是如此，，展现出短期疗法的新局面美国胸科学会1979年提出了9个月为1疗程的二联用药方案第1个月每天用药：异烟肼300mg，利福平600mg，以后8个月每周2次每次用量，异烟肼900mg，利福平600mg，他们用以治疗肺结核500例96%治愈。此方案同样适于泌尿生殖系结核并认为疗效会更佳一般用药期限在12个月以内根据临床结果决定停药或进行外科治疗。
目前停药的标准如下，全身情况明显改善血沉正常体温正常，排尿症状完全消失，反复多次尿液常规检查正常，尿浓缩法查抗酸杆菌长期多次检查皆属阴性，X线泌尿系造影检查或膀胱镜检查病灶稳定或已愈合，尿培养、尿动物接种查结核杆菌示阴性，全身检查无其他结核病灶用药至少1年方可达到此项标准用药两年比较安全可靠。在停药后应作长期观察定期检查尿液及泌尿系造影至少随访5年。手术治疗有效的药物治疗使手术治疗的地位有所改变，以往许多必须进行手术治疗的病例现在可通过非手术疗法。但是Fischer的一项回顾性研究发现即使经过平均9个月，的抗结核治疗，仍有52%，的外科标本可见到新鲜的结核病变。
因此，外科手术仍有着重要，的地位至于手术时机问题，比较公认的是正规抗结核治疗4～6周后进行手术方式也多种多样从Gow1981年统计的资料看，在所有术式中切除性手术逐渐减少重建手术相应增多手术方式根据病肾破坏情况可考虑，病灶清除术、肾部分切除术、肾切除术等。不论采用何种手术，术后仍应继续用药参照前述标准停药。