比较小的扁桃体结石，有可能自然好转，但比较大的扁桃体结石自愈几率较低。因此，建议及时就医检查，再由医生指导治疗。
如果目前扁桃体结石比较小，结石直径未超过5cm，且患者目前症状不明，无压迫感、异物感、进食困难等症状，通常有自愈的可能。因为比较小的扁桃体结石可能会自行排出或溶解，扁桃体的数量也可逐渐减少。不过自愈后仍要观察，同时也要注意个人卫生，并远离致病因素，以降低复发几率。
但如果扁桃体结石直径比较大，已经超过5cm，且患者目前异物感比较强烈，有吞咽困难、进食困难、无法正常发音等情况，自愈的可能性比较小。需及时根据结石大小选择合适的治疗方式，包括药物治疗、手术取石等。药物方面主要以消炎杀菌为原则，可遵医嘱使用头孢克肟分散片、阿莫西林胶囊等。而手术方面，可在医生指导下采取钳子取出法、切开取石法、扁桃体切除法等。
扁桃体结石的治疗虽然重要，但预防扁桃体结石的发生同样重要。因此，平时要注意口腔卫生，避免一些刺激性物质。同时也要适当增加运动量，以加强免疫，降低发病几率。