肠杆菌肺炎与其他革兰阴性杆菌肺炎相似。起病急骤，突起畏寒发热。体温常于37.7～38.8℃之间。咳嗽明显，咳痰量较多，呈黏液脓性，但与克雷白杆菌肺炎不同，咯血和血性痰少见。如病变广泛，可有呼吸困难。
体格检查可有气急、发绀。常于两肺闻及湿性?音，肺部实变体征少见。如系血源性感染者，肺部体征有时缺如，但常常发现尿路和消化道等肺外感染的表现。
肠杆菌肺炎的临床表现不具特征性，与其他革兰阴性杆菌肺炎相似，仅凭临床表现难以确诊。高危人群在住院期间出现发热、支气管脓性分泌物增多、白细胞增多、肺部出现病灶或在原肺部病变的基础上出现新的浸润，均为诊断的依据。确诊和鉴别诊断有赖于细菌学检查。