肠道健全可以定义为肠道维持其结构和功能的完好，简单来说就是没有受到各种损害，是一个完整的肠道。那么一个完整的肠道包含哪些部分呢?
1. 粘液
粘液是防止细菌和真菌侵入的一个屏障。但是一些酶(如可以分解粘液的尿素酶)可以打破这种屏障。
2. 肠上皮细胞
肠道的上皮细胞形成一个具有半通透性的表面，可以有选择性的允许液体、电解质通过，并且具有分解和利用营养物质的能力。在消化道中，每一部分的上皮细胞都是一个连续的物理屏障。当微生物和毒素因子使上皮细胞遭到破坏时，肠道健全也就受到破坏。
3. 液体分泌物
液体分泌物为大量的水和电解质的混合物。在前部小肠中的液体具有保护作用，可以使肠道中的细菌悬浮在液体中并随着液体的流动而被冲到肠道后部。
4. 免疫细胞
肠道免疫的功能性细胞主要包括：T淋巴细胞、B淋巴细胞、巨噬细胞、异嗜细胞、树突状细胞、NK细胞、杯状细胞、浆细胞和M细胞。以上这些功能性细胞在机体抵抗各类病原性微生物入侵，维护肠道健全发挥着非常重要的作用。
5. 肠道的正常菌群
肠道的正常菌群在维持肠道健全方面扮演着无可替代的角色，肠道菌群的破坏往往可以引起不表现任何临床症状的疾病。