引起本病的病毒系痘病毒科的一种DNA病毒，是人体最大的病原性病毒之一，大小约为300×200×100μm。电镜研究，病毒的形成与胞质有密切关系，胞质基质浓缩，并出现嗜酸性颗粒，集聚成大颗粒，称颗粒组合型病毒（初期型病毒）；继而形成细颗粒型病毒（中期型）；最后形成一层砌样外壳和哑铃状DNA内核，整个胞质基质变成病毒包涵体，又称软疣小体。形态学上与痘疮、牛痘、羊痘及其他动物病毒相似。目前培养及动物试验均尚未成功。曾报道传染性软疣能在原代人羊膜细胞、人包皮成纤维细胞、猴肾细胞及FL细胞中产生细胞病变效应（CPE）。不过，但因其不能通过脱膜阶段而使该病毒难以在任何细胞中生长，故不能将细胞培养分离病毒作为常规。
传染性软疣病毒因不能在组织培养细胞中繁殖而妨碍了对其DNA的分析，有限的报道表明本病毒G+C含量高于痘苗病毒，它至少有两个亚型。自生殖器分离的病毒定名为Ⅱ型，自身体其他部位分离的定名为Ⅰ型。但两个型病毒的病灶不一定局限于某个部位。临床标本中的传染性软疣病毒颗粒形态与正痘病毒相似，但其“M”颗粒表面有似雅塔痘病毒之突起管状结构，有别于天花、猴痘及痘苗病毒。此外软疣病毒无囊膜，有别于塔那痘病毒。传染性软疣病毒产生特征性皮损在临床上容易诊断，但出现在生殖器部位的皮炎及溃疡处，则常与生殖器疱疹病毒混淆，此时只有通过电镜才能作出诊断。