肠镜是目前反应肠道病变最直接，最有效的检查。不光如此，它还可以在检查过程中及时治疗肠道疾病，例如可以用它行镜下息肉切除。它的发明推动了临床检查工作的顺利进行。
然而，提起做肠镜，很多人却害怕做，认为肠镜有损身体健康，其实这样的担心是多余的。一般来说，做肠镜是不会对身体造成什么损害的，属于无创性检查。即使有负面影响，最常见的可能是疼痛。在做肠镜的过程中，肠道内由于注入气体或者器械牵拉肠壁，会使患者产生不同程度的疼痛。有一个位中年女性患者，因常期便血和腹泻，医生让她做一个肠镜检查。在检查的过程中，病人叫苦不迭，一直喊疼，说自己肚子胀的感觉要爆炸了，这就是很多人害怕做肠镜的原因。
其次，关于其带来的伤害，曾有过这样一个报道，一位患者在肠镜检查过程中肠子发生爆炸。这听上去很吓人，但其实这样的情况在普通诊断性结肠镜上是不会发生的。而可能发生爆炸的原因是当用高温电火花切割某些病变，同时肠内又有易燃气体时，才可能会发生爆炸。因此，只要注意避免肠腔内产生可燃性气体（例如服用甘露醇等导泻剂产生易燃气体）就可远离爆炸的可能性。
由上可知，肠镜检查是一项安全性的检查，没有什么副作用，并且随着技术的不断改进，现在又出现了无痛肠镜，医生可以对患者进行浅麻醉以缓解患者痛苦，或者还可以尝试水交换式肠镜，无需麻醉，痛苦小。这些改进都很大的缓解了做肠镜的不适和不安因素。