肠镜检查就是一根直径大约1cm，长度大约140cm的可以弯曲，末端装有一个光源带微型电子摄影机的纤维软管，它能依次通过肛门，肛管，直肠，乙状结肠，降结肠，横结肠，升结肠，回盲部，最终抵达回肠末端，从而准确发现大肠和一部分小肠的病变，特别是能够发现息肉，溃疡，炎症或肿瘤。
普通肠镜检查的确会有一定不适，但是完全可以耐受，过去，国内一直开展的是双人操作肠镜，即一人控镜，一人送镜，检查的时候为了看清肠腔的走形，需要往肠道内送气，如果气体控制的不好，送气过多，就会让患者有腹胀感，大肠里有部分肠管是游离的，一味进镜，没有短缩，又会导致肠管过度伸展，就会让患者出现疼痛不适。现在，单人肠镜已逐渐取代双人肠镜，不仅能够让患者不产生疼痛感，还能够更好地进行内镜下各种精细治疗。
现在很多医院都开展了无痛肠镜，其实它和无痛胃镜原理一样，都是静脉使用丙泊酚等麻醉后，再接受肠镜检查，因为麻醉后患者处于熟睡状态，所以感觉不到任何不适。不过并非所有的人都适合无痛肠镜，比如对麻醉药过敏，孕妇及哺乳期妇女，有急性上呼吸道感染，严重肺心病，严重鼾症并伴有睡眠呼吸暂停，心律失常，特别是心动过缓，最好都不要接受麻醉。另外，无痛肠镜检查是在毫无反应状态下插镜，虽然患者不适反应完全消失，但麻醉后肠管松弛，所以发生穿孔，浆膜撕裂及出血的并发症概率也会比普通肠镜更高。