消化系统症状往往为全身性淀粉样变病理中的核心症状。原发性淀粉样变病最为显著。病变部位不同可呈现出不同的临床症状。
1.恶心、呕吐、食欲不振 上消化道黏膜肌层和固有肌层淀粉样纤维多量沉积，导致消化道运动功能障碍。在食管下咽困难，胃引起内容物停滞，出现恶心、呕吐、食欲不振等症状。
2.便秘、腹泻 下消化道淀粉样纤维沉积导致便秘或腹泻。顽固性便秘使用泻药后会转变成严重腹泻，然后转为便秘与腹泻交替，腹泻严重时可有大便失禁，也有主诉腹痛者。对治疗有抵抗的长期持续的腹泻应怀疑淀粉样变病。
3.吸收不良 吸收不良的发生率为4.0%～5.8%，在小肠淀粉样纤维沉积导致黏膜上皮的萎缩、糜烂、血管障碍，少数病例可出现吸收不良综合征，表现为脂肪泻、巨幼红细胞贫血或蛋白漏出性肠病。
4.出血、梗死、穿孔 淀粉样蛋白向毛细血管沉积可因血管障碍引起缺血、糜烂，乃至溃疡，消化管的任何部位都可能发生溃疡，溃疡出血可出现呕血、便血。亦有引起乙状结肠的梗死和回肠的穿孔的病例报告。
5.肠梗阻 大量淀粉样蛋白在胃肠平滑肌沉积，进而自主神经障碍引起运动功能障碍，发生率6%～8%。所谓淀粉样瘤(amyloid tumor)，好发于胃窦幽门及远侧结肠，和同部位的恶性肿瘤一样可引起消化道梗阻症状。没有器质性狭窄的病变者，有时也可能出现急性肠梗阻的症状。Iegge等把这种状态称为假性肠梗阻。淀粉样瘤常见于原发性及伴随骨髓瘤性淀粉样变病，肠梗阻时腹部可见大量气体像。
6.其他 巨舌为淀粉样变病的一种特征性局部体征，见于20%的患者，往往同时伴有颌下腺、舌下腺等涎腺的肿大。患者味觉失灵，唾液分泌减少，有口腔黏膜干燥感、齿龈及口腔黏膜易出血，并可形成舌、颊黏膜的小血肿，后两者在原发性淀粉样变病中常见。咽部肌肉运动障碍(由于淀粉样纤维浸润引起的下位脑神经麻痹及局部淀粉样纤维沉积)和食管病变严重者往往主诉吞咽困难，但未见于FAP病人中。
对于巨舌及多种消化系统症状者应想到本病，及早内镜检查并行黏膜活检。确定诊断依赖活检组织中确认淀粉样纤维沉积。