胆脂瘤型中耳炎一般建议尽早手术，将病变组织彻底清除干净，包括乳突腔内、鼓窦、鼓室内的所有息肉、肉芽、胆脂瘤、病变的黏膜等，尽可能保留健康的组织，尤其是和传音功能有密切联系的中耳结构，这样可以更好的预防并发症，让中耳传音结构重建。
治疗胆脂瘤型中耳炎的手术方法有乳突根治术，可以将中耳乳突内病变组织切除，让乳突腔、鼓室、鼓窦成为外耳道向外开放的腔，从而改善疾病所引发的症状。但如果手术对听骨正常连接造成破坏，就可能出现听力下降或听力不提高的现象。
也可以做上鼓室开放术，需要切除上鼓室外侧壁，将病灶彻底清除干净，最大限度恢复听力，以免术后小鼓室或者上鼓室内陷形成，或者出现鼓室粘连现象。通常手术成功后，改善听力的效果比较理想。
想治疗胆脂瘤型中耳炎还可以做改良乳突根治术，需要凿入鼓窦，再用电钻或者小圆凿进入鼓窦入口，将上鼓室外侧壁去除，充分开放上鼓室，然后将上鼓室以及鼓窦入口病变组织清除干净。手术需要根据病变的情况，在清除病变组织的基础上，尽可能改善听力或者保存听力。但如果病变范围比较广，引流不通畅，脓液比较多，就不适合采用这种手术方式。