1.再生障碍性贫血(AA) 贫血、出血、全血细胞减少及骨髓增生低下是AA的主要特点，和HAL类似。两者主要鉴别点是骨髓涂片和(或)骨髓活检找到白血病细胞，而AA则主要为成熟的淋巴细胞。
2.骨髓增生异常综合征(MDS) MDS中的难治性贫血伴原始细胞增多(RAEB)及难治性贫血伴原始细胞增多转变型(RAEB-t)患者的骨髓，可有低百分数的原始细胞，尤其是骨髓增生低下的MDS易和HAL混淆。鉴别点是：①原始细胞百分数最为主要，≥30%为HAL，<30%则为RAEB或RAEB-t。②病态造血。HAL常缺如，或程度很轻，而MDS病态造血是诊断的必备条件。