小儿科有很多疾病必须通过腰穿检查方能确诊。不少家长常担心腰穿脑脊液会使孩子变傻，或造成瘫痪等，其实这种担心是多余的
正常情况下，小儿的脑脊液总量约为100—150毫升，是澄清无色透明的液体，主要成分是无机盐和少量的糖和蛋白质。脑脊液不断产生，经过一定的循环又不断通过静脉系统回流到心脏，周而复始从不间断。因此，腰穿抽取少量脑脊液是不会影响身体的。腰穿也损伤不到脊髓，更损伤不了脑子。因为临床做腰穿的部位离脊髓还有相当的距离。脑子和脊髓的外边不仅有颅骨和软膜三层被膜保护，而且在软膜内有脑脊液，脑子和脊髓是漂浮在脑脊液里的，这样可避免中枢神经组织与颅骨、椎骨的直接接触，并可分散压力、减缓直接冲击。
当小儿患脑炎、脑膜炎、脑出血等疾病时，脑脊液会有相应的变化。这时检查脑脊液对进行正确诊断、判断病情、寻找病源很有帮助。例如化脓性脑膜炎时，脑脊液外观常变得混浊，可以通过显微镜检查到细菌。结核性脑膜炎时，脑脊液外观呈毛玻璃样，留置后可以有一薄膜形成，膜中可找到结核杆菌。腰穿除用于帮助诊断外，有时也用于注射药物以治疗某些疾病，所注入的药物一般都为效果明显而副作用较小者。例如在预防和治疗中枢系统的白血病时，腰穿后常要作药物注射，患儿往往要经过3—4年系统治疗、承受数十次腰穿才能达到完全缓解且健康生存，而患儿并没有因此“变傻”。
至于有的小儿患脑炎、脑膜炎等疾病，腰穿后出现瘫痪、智力障碍、麻痹、失明、耳聋等现象，这是因为病儿患病诊断、治疗不及时或治疗不彻底等导致的后遗症，与腰穿根本无关。