婴儿双歧杆菌在母乳喂养儿肠道内大量存在，对婴幼儿有许多好处。如营养、免疫及抗感染作用。并且还具有抗过敏、抗肿瘤、调整肠道功能及改善营养的作用等。在临床上，双歧杆菌具有调整肠道功能紊乱作用。可以预防腹泻，减少便秘，即双向调节。这种调节能起到预防和治疗各种肠道疾病的效果。
①保护身体不受病原菌的感染
健康人的肠内栖息着大量的双歧杆菌。最典型的代表，即为吃母奶的婴儿，他们的肠
内细菌丛99%都是双歧杆菌。由于双歧杆菌可制造出乙酸和乳酸，所以肠内的PH值偏向强酸性，因此可以抑制病原菌的繁殖，防止人体受到感染。[2]
喝母奶的婴儿比喝牛奶的婴儿，较少发生腹泻或肠炎，死亡率也比较低，原因就在这里;当然，不但婴儿如此，即使幼儿和成人也一样。双歧杆菌在肠内越占优势，就越不容易遭到病原菌的侵入而感染疾病。
②抑制肠内腐败的情况
蛋白质在肠内被坏细菌分解时，会形成胺、氨、吲哚(indole)、硫化氢等腐败物质。
这些物质被人体吸收后，即成为便秘、腹泻、癌症、高血压等各种疾病的原因，而加速身体的老化。
正如上述，粪便会发出臭味的原因，也在于这些腐败物质。如果双歧杆菌和坏细菌作战获胜，就可抑制肠内腐败的情况。
③制造维他命
抑制肠内的腐败，还不能算是双歧杆菌的主要功能。双歧杆菌确实可以制造出维他命B1、B6、B12、K12、烟酸和碘等元素。其中有一部分会被体内所吸收，对人体有莫大的助益。
④促进肠子的蠕动，防止便秘的产生
双歧杆菌在肠内繁殖时，就会制造出乳酸或醋酸等有机酸，作为代谢产物。可促进肠子蠕动，防止便秘。
⑤预防和治疗腹泻
如果肠内细菌丛失去平衡，有时就会引起细菌性的腹泻。
双歧杆菌能在肠内繁殖，即表示肠内细菌丛已保持正常的平衡。因此，可以预防腹泻;就算已经在拉肚子了，若能使双歧杆菌增加，也能充分治疗腹泻。
⑥提高身体的免疫力
双歧杆菌的菌体中，含有可刺激体内免疫机能，提高免疫力的物质。一般认为，肠内的双歧杆菌可因自我溶解，令菌体的成分被体内吸收，而有助于免疫能力的提高。
⑦分解致癌物质
肠内存在着使食物成分转变成亚硝胺等致癌物质的坏细菌。但另一方面，双歧杆菌却具有分解某种亚硝胺的作用，这是根据试管实验所获得的证明。