在感染数月后，多数患者起病缓慢，形成结节性前巩膜炎。主要症状有眼红、畏光、流泪、结膜囊分泌物、眼痛及视力下降。主要体征有巩膜紫色充血，炎症浸润与肿胀，形成隆起的结节，结节质硬，明显压痛，推之不能活动。
病变呈进行性损害，形成坏死性前巩膜炎，表现为巩膜局部出现炎症性斑块，病灶周边炎症反应比中心重。眼痛剧烈，与巩膜炎体征不成比例。继之病灶周围出现无血管区，是由于巩膜外层血管发生闭塞性脉管炎所致。受累巩膜可坏死变薄，葡萄膜外露。若眼压持续升高，则形成巩膜葡萄肿。如果未及时治疗，巩膜病变可快速向周围蔓延扩展。炎症消退后，病灶处巩膜呈蓝灰色，周围有粗大的吻合血管围绕。引起巩膜炎最常见的分枝杆菌属于Ⅳ型的海龟分枝杆菌(M.chelonei)，它是一种快速生长的分枝杆菌，伴有其他的眼部炎症如角膜炎或肌内注射后脓肿。也可由缓慢生长的Ⅰ型的海水分枝杆菌(M.marinum)引起，可伴有皮肤疾病如水槽性皮肤肉芽肿等。该型引起的角巩膜炎还可伴有全身性麻风杆菌感染。
根据病史、临床表现可做出疑似诊断，但分离出分枝杆菌病原体可以确定诊断。值得注意的是，各种感染性巩膜炎的诊断必须考虑包括非典型分枝杆菌，特别是巩膜炎继发于眼附属器感染、土壤或被污染的水(游泳池、养鱼池及其他水容器)损害引起的眼病。从感染性巩膜炎患者取下的巩膜或角巩膜活检组织的实验室检查必须包括抗酸染色及30℃Löwenstein-Jensen培养，以确诊非典型分枝杆菌性巩膜炎。