房间隔缺损引起的血栓通常比较严重，需尽快就医，遵医嘱规范治疗。
房间隔缺损出现后会使血液流动速度变慢，进而影响细胞代谢，使局部凝血没积聚，引发血栓，此时会形成反复头痛、呼吸困难、心悸、胸痛等表现，甚至有可能产生短暂性脑缺血或急性脑梗死，进而危及生命，因此，房间隔缺损引起的血栓属于较为严重的状态。
房间隔缺损引起的血栓可遵医嘱使用抗凝药物、抗血小板药物处理，如硫酸氢氯吡格雷片、肝素钠注射液、那屈肝素钙注射液等。当血栓得到控制后，还需针对房间隔缺损进行改善，建议在医生指导下采用房间隔缺损封堵术、房间隔缺损修补术等。
房间隔缺损患者应做到早发现、早控制，避免给生命造成威胁。平时定期复查，监测病情状态，避免反复发作。同时适当锻炼，并注意环境状态，禁止处于低气压或高气压环境中。