非淋性尿道炎会有一定的危害，尤其是年轻的男性患病，甚至会引起前列腺以及睾丸方面的疾病，非淋性尿道炎在治疗上难度不大，只要患者及时的确诊疾病，尽早的使用药物治疗，治疗的效果还是很好的，在治疗非淋性尿道炎上药物治疗是首选的方式，药物治疗有以下几种药物。
西药治疗
非淋性尿道炎使用西药治疗的效果是很明显的，西药一般都是采用抗生素进行治疗，种类繁多，用药期间，应当根据患者的病原菌的种类，以及患者对药物的敏感程度来针对性的选择，联合用药是治疗非淋性尿道炎的一种很好的方式，一般在用药一周左右症状就会消失，如果患者有尿频尿急以及尿痛的情况，可以同时服用解痉药物，改善患者的症状，非淋性尿道炎会有传播的可能性，如果患者有配偶最好是同时进行，否则容易出现反复的情况。
中药治疗
在治疗非淋性尿道炎上，中药也是有一定的治疗效果的，中药在治疗非淋性尿道炎上需要根据患者的类型进行辩证治疗，常见的类型有膀胱湿热型、膀胱气滞型、膀胱寒湿型、虚寒型脾、肾气虚型、虚热肾阴虚型，治疗期间需要辩证患者的类型来对症用药，使用中药治疗非淋性尿道炎效果不如西药明显，但是对于患者的身体没有副作用。
非淋性尿道炎的治疗药物主要是有以上这两大类，在治疗的期间，患者应当注意自己饮食，最好是多吃一些含B族维生素丰富的食物，并且治疗期间需要对尿道进行护理，对于症状严重的患者也可以考虑使用物理治疗的方式缓解病情，治疗的期间一定要多喝水，多喝水能够起到冲刷尿道的效果，对疾病的恢复有很大的作用。