曲菌球一般对抗真菌药物治疗无效，应争取手术治疗。
变态反应性支气管肺曲菌病患者，经气管滴入或雾化吸入二性霉素Ｂ等抗真菌药，虽对消灭支气管内曲菌有一定疗效，但易复发。目前认为皮质类固醇是治疗本病最有效的药物，可抑制变态反应、减少痰液，使支气管管腔不利于曲菌种植。一般口服强的松0.5mg/kg/d，有助于肺浸润吸收。2周后改为隔日一次，至少维持3个月。亦可联合应用二性霉素B，雾化吸入疗效较满意。通常用氟美松2.5mg和二性霉素B 5mg加入生理盐水10ml中雾化吸入，每日2次，共1个月。对顽固性病者应作支气管镜冲洗，吸出粘稠的分泌物，保持气道通畅，以提高药物的疗效。
IPA者主要采用抗真菌药物治疗。两性霉素B为首选药物，用法和剂量参阅“隐球菌病”。亦可合并应用利福平，450mg/d，空腹一次口服。因两者联合应用有协同作用。也可应用氟胞嘧啶。伊曲康唑（ifraconazole）抗真菌活性强，对曲菌感染具良好疗效，用量200mg/d逐增至400mg/日，分1～2次服用。对于顽固性或复发性、侵入性肺曲菌病患者，若病灶局限，可作部分肺切除。