男性如果发现有非细菌性前列腺炎的症状，应及时到医院检查确诊，如确实患上此种疾病，则按照医生的治疗方案进行治疗。慢性非细菌性前列腺炎多采用综合方法治疗。
1.药物治疗
非细菌性前列腺炎患者虽然常规细菌检查未能分离出病原体，但可能仍然与某些特殊病原体有关。因此有必要的时候仍需要做抗菌治疗。或使用消炎、止痛药。一般使用消炎痛内服或栓剂，使用消炎、清热、解毒、软坚药物可患者改善患者的症状，理论上可清除活性氧成分，减轻炎症，缓解疼痛，是可用的辅助治疗方法。
使用中药，中医辨证论在慢性前列腺炎治疗中起着重要作用，大部分中药对身体的副作用也较小，但药物效果较为缓慢，患者可根据自身情况选择，或可作为调理、辅助治疗用。
α-受体拮抗剂治疗。前列腺炎患者的前列腺、膀胱颈及尿道平滑肌张力都增加，排尿时后尿道内压增高致尿液反流入前列腺管，用α受体拮抗剂有效地改善前列腺痛及排尿症状，能有效防止感染复发。α受体拮抗剂宜用较长疗程，使有足够时间调整平滑肌功能，巩固疗效。
2.物理治疗
前列腺按摩可排空前列腺管内浓缩的分泌物以及引流腺体梗阻区域的感染灶，因此对顽固病例可在使用抗生素的同时每3～7天做前列腺按摩。多种物理因子被用作前列腺理疗，如微波、射频、超短波、中波和热水坐浴，对松弛前列腺、后尿道平滑肌及盆底肌肉，加强抗菌疗效和缓解疼痛症状有一定好处。
3.其他治疗
（1）前列腺按摩是传统的治疗方法之一，研究显示适当的前列腺按摩可促进前列腺腺管排空并增加局部的药物浓度，进而缓解慢性前列腺炎患者的症状，故推荐为慢性非细菌性前列腺炎的辅助疗法。
（2）生物反馈治疗研究表明慢性前列腺炎患者存在盆底肌的协同失调或尿道外括约肌的紧张。生物反馈合并电刺激治疗可使盆底肌松弛，并使之趋于协调，同时松弛外括约肌，从而缓解慢性前列腺炎的会阴部不适及排尿症状。
（3）热疗主要利用多种物理手段所产生的热效应，增加前列腺组织血液循环，加速新陈代谢，有利于消炎和消除组织水肿，缓解盆底肌肉痉挛等。短期内有一定的缓解症状作用，但长期效果不明确。对于未婚及未生育者不推荐使用。
（4）前列腺注射治疗经尿道前列腺灌注治疗疗效与安全性均为得到证实。